Ավելի քան երեսուն տարի աշխատելով միջազգային զարգացման ոլորտում, մասնավորապես՝ Լատինական Ամերիկայում՝ Ագուերոն պաշտոններ է զբաղեցրել Միջամերիկյան զարգացման բանկում (IDB), Համաշխարհային բանկում եւ ՄԱԿ-ի Զարգացման ծրագրում` աշխատելով այս կազմակերպությունների՝ Վաշինգտոնի, Ուրուգվայի, Ժնեւի, Բրյուսելի եւ Փարիզի գրասենյակներում եւ դրանց առանձին մասնաճյուղերում: Հանդես գալով այս կազմակերպություններում որպես ծրագրի ղեկավար, ոլորտային մասնագետ եւ ավագ խորհրդական՝ նա նախագծային եւ ծրագրային զգալի աշխատանք է կատարել մի շարք ոլորտներում՝ կառավարում, պետական բարեփոխումներ եւ քաղաքացիական հասարակություն-կառավարություն հարաբերություններ: Նա մեծ փորձ է կուտակել նաեւ միջազգային կազմակերպությունների, կառավարական եւ ոչ կառավարական կազմակերպությունների, ազգային եւ միջազգային գործընկերների միջեւ հարաբերություններում:
Իր գործունեության վաղ շրջանում Մարիա Էլենա Ագուերոն եղել է ԱՄՆ ֆինանսների նախարարության առեւտրային քաղաքականության պատասխանատու եւ Վաշինգտոնի ռազմավարական եւ միջազգային հետազոտությունների կենտրոնի գիտաշխատող: