Maria Elena Agüero verfügt über mehr als 30 Jahre Erfahrung im Bereich der internationalen Entwicklung, insbesondere in Lateinamerika. Sie war als Expertin für die Interamerikanische Entwicklungsbank, die Weltbank und das Entwicklungsprogramm der Vereinten Nationen tätig und arbeitete viel in den Vertretungen dieser Organisationen in Washington, Uruguay, Genf, Brüssel und Paris sowie in deren Außenstellen. Als Projektreferentin, Branchenspezialistin und leitende Beraterin in diesen Organisationen hat sie umfangreiche Projekt- und Programmarbeit in einer Reihe verschiedener Fachgebiete geleistet, zuletzt in den Bereichen Staatsführung, Staatsreform und Beziehungen zwischen Zivilgesellschaft und Regierung. Sie verfügt zudem über umfangreiche Erfahrungen in den Beziehungen zwischen internationalen Organisationen, Regierungs- und Nichtregierungsorganisationen, nationalen und internationalen Partnern und deren Gegenspielern.

Zu Beginn ihrer Karriere war Agüero handelspolitische Referentin im US-Finanzministerium und Forschungsassistentin am Center for Strategic and International Studies in Washington, D.C., USA.