Vor ihrer Tätigkeit bei USIU-A war Margee Ensign sieben Jahre lang Präsidentin der American University of Nigeria (AUN). Vor AUN war sie die 29. Präsidentin von Dickinson. 

Sie war zudem Associate Provost for International Initiatives, Dekanin und Professorin an der School of International Studies der University of The Pacific (1999-2010), arbeitete in Ruanda und Uganda (2003-2009) und arbeitete in Verwaltungs- und Fakultätspositionen an den Universitäten Columbia und Tulane.

Ensign erhielt 2011 den African Leadership Award in Educational Excellence. Im Jahr 2015 wurde sie von den Frauen der Jama'atu Nasril Islam in Nigeria für ihre Verdienste um Führung, Philanthropie und Bildung von Frauen und Mädchen im Nordosten Nigerias ausgezeichnet. Als Wissenschaftlerin hat sie zahlreiche Publikationen veröffentlicht und beschäftigt sich vor allem mit den Herausforderungen der internationalen Entwicklung sowie den Auswirkungen der Entwicklungshilfe. 

Ensign erwarb ihren B.A. am New College in Florida und ihren Ph.D. in internationaler politischer Ökonomie an der University of Maryland.