Jonathan Fanton war von 2014 bis 2019 Präsident der American Academy of Arts and Sciences. Davor war er Interimsdirektor des Roosevelt House Public Policy Institute am Hunter College. Zuvor war er Präsident von The John D. and Catherine T. MacArthur Foundation und 17 Jahre lang Präsident von The New School for Social Research.

Zusätzlich zu seiner Leitungsfunktion in diesen Organisationen war er Verwaltungsratsvorsitzender mehrerer Organisationen, darunter Human Rights Watch, der Security Council Report und die New York State Commission on Independent Colleges and Universities. Gegenwärtig ist er in den Leitungsgremien von Scholars at Risk, des Asian Cultural Council und des Benjamin Franklin House tätig. Er ist Autor der Bücher „Foundations and Civil Society“ (Stiftungen und Zivilgesellschaft), Band I und II (2008), und „The University and Civil Society“ (Die Universität und die Zivilgesellschaft), Band I und II (1995, 2002).

Er war Goodwill-Botschafter des Aurora-Forums 2019 und gehörte von 2016 bis 2020 der Expertengruppe für den Aurora-Preis an.