El misionero y diácono evangelista suizo pasó las dos primeras décadas del siglo XX al servicio de las necesidades médicas de los armenios.
“En la Tierra de Sangre y Lágrimas”, el libro que escribió durante su breve regreso a Suiza en 1919-22, es el relato de un testigo clave de los horrores que había visto. Él y su esposa Elizabeth regresaron a la región como parte del programa de “Near East Relief” para evacuar a los huérfanos armenios de Turquía y juntos lograron trasladar a 8.000 niños desplazados a Siria y a El Líbano. En 1923 se hizo cargo de un orfanato, un hogar de 1.400 niñas, en Ghazir, El Líbano, cerca de Beirut. Más tarde, en ese mismo año, su brazo fue amputado. Sin embargo, por un período adicional de 25 años, "Papá Künzler" estuvo a cargo del bienestar de sus discípulos.
Künzler había a sus padres a temprana edad y trabajaba como carpintero antes de su formación como asistente médico. La primera vez, viajó a Urfa en 1899 (actualmente, Sanliurfa, al sudeste de Turquía). Después, trabajó allí durante 20 años, a menudo reemplazando a los cirujanos y pronto ganó fluidez en los idiomas armenio, turco y kurdo. Cuando estalló la Primera Guerra Mundial y muchos extranjeros se vieron obligados a salir de Turquía, Künzler, como era de nacionalidad suiza, pudo quedarse. Muchas veces se encontraba siendo el único recurso médico para las víctimas del Genocidio en la región y lo que vio durante estos años lo marcó mental y físicamente.
Cuando terminó la guerra en 1919, los Künzlers, agotados, viajaron a Suiza para recuperarse. Jakob completó su formación como cirujano y, atormentado por lo que había visto, escribió su relato del Genocidio. Cuando el programa de reubicación de los huérfanos a zonas seguras fuera de Turquía comenzó, ellos encabezaron los esfuerzos locales. "Ya que el conocimiento del idioma y de la localidad nos hizo a mi esposa y a mí los más adecuados para el trabajo de “Near East Relief” ... ambos fuimos asignados para evacuar a más de 8.000 huérfanos armenios de Urfa y sus alrededores", escribió más tarde. Luego, describió los esfuerzos como "trabajo que nos hizo felices a tal punto que podríamos considerar este período de nuestra vida como uno de los mejores". Este titánico esfuerzo es considerado clave para la supervivencia de muchos armenios.
Künzler se aseguró de que los niños del orfanato de Ghazir aprendieran a tejer alfombras u otros oficios que les darían empleo en la vida adulta: en el 1925 hicieron una alfombra que se la regalaron al presidente estadounidense Calvin Coolidge. Künzler tomó un interés paternal por los que estaban bajo su tutela y, también, por garantizar, en lo posible, que las niñas del orfanato se casaran con hombres armenios para mantener la identidad nacional en su vida en el exilio.
Antes de su muerte en 1949, Jakob Künzler fundó una institución para huérfanos ciegos y un sanatorio. Puso en marcha, también, un programa de construcción de viviendas para los refugiados armenios: él y Elizabeth recaudaron los fondos necesarios.
