A comienzos de la Primera Guerra Mundial, Celal era gobernador de Alepo. Cuando empezaron las deportaciones de armenios, Celal creyó que eran medidas temporarias como consecuencia de las exigencias del período de guerra. “Nunca imaginé que un gobierno pudiera asumir la tarea de aniquilar a sus propios ciudadanos de esta manera, destruyendo su capital humano, que debería considerarse el mayor tesoro del país”, escribió en sus memorias. Fue engañado de tal forma que, incluso, solicitó en un telegrama “la asignación de fondos para construir viviendas para el asentamiento de armenios”.      

No se conformó con simplemente “suavizar” las duras órdenes: por el contrario, estaba dispuesto a asumir grandes riesgos con tal de intentar detener las matanzas. Se rehusó a deportar a los armenios de Antioch e intentó salvar a sus amigos más cercanos. Celal dispuso que los miembros del parlamento Krikor Zohrab y Vartkes Serengulian, quienes fueron enviados a Diyarbekir para ser sometidos a juicio por la corte marcial, permanecieran en Alepo. “No podía enviarlos a la muerte con mis propias manos… Les escribí a las autoridades de Estambul pidiéndoles que se les permitiera permanecer en Alepo. No recibí ninguna respuesta. Pero les prometí que no los dejaría ir mientras estuviera en Alepo  y cumplí con mi palabra”, recuerda en sus memorias. Zohrab y Vartkes fueron despachados cuando Celal ya no estaba en el cargo y fueron asesinados antes de llegar a su destino. 

Celal le envió una carta “secreta y personal” a Talat, el Ministro del Interior, que contenía estas palabras: “Embarcarse en la destrucción de los armenios será una pérdida para el país, que no se podrá compensar por años. Si todos nuestros enemigos alrededor del mundo se unieran y deliberaran durante meses sobre la peor forma de causarnos daño, no planearían una maldad semejante”. 

Celal compartió su preocupación acerca de la suerte que corrían los armenios y de la naturaleza de las órdenes que él recibía con los cónsules norteamericano e italiano en Alepo, con los cuales había forjado una amistad. Les pidió a los diplomáticos que les transmitieran a sus gobiernos la gravedad de la situación y que evitaran masacres haciendo uso de las influencias que tenían en la Sublime Puerta. Con el mismo pedido apeló al cónsul alemán en Alepo.     

Mientras tanto, la rama local de Unión y Progreso intentó remover a Celal de muchas maneras. Se le presentaron cargos tan graves como “traición a la patria”. Una investigación demostró que todas las acusaciones eran “falsas e infundadas”. Sin embargo, Celal fue removido del vilayeto de Alepo poco tiempo después. 

Primero fue trasladado a la prefectura de Ankara y al poco tiempo a la prefectura de Konya. Les pidió a las personas a cargo que le buscaran un reemplazo si es que “también iban a deportar a los armenios de Konya”. Le aseguraron que esto no ocurriría, pero ya antes de llegar a Konya supo que le habían mentido.   

Todos los días, los trenes transportaban a miles de armenios a Konya, mientras se daban órdenes de acelerar su traslado a Der el Zor.

Al principio, Celal intentaba retrasar la salida de los convoys, aduciendo a la falta de vagones para cargar a tanta gente. 

El Comité Central de Unión y Progreso amenazó con despedirlo, exigiéndole que “sacrifique su opinión personal” en pos del “ideal nacional”. “Llamar a tales atrocidades un ideal nacional es el peor insulto y la mayor difamación contra la nación”, declaró. Celal continuó soportando la presión y, “aprovechando cada mínima oportunidad que tuvo”, logró mantener a alrededor de 30.000 armenios en Konya.  

El 3 de octubre de 1915 lo removieron de su cargo. Su partida significó el principio del fin para los armenios en Konya. Inmediatamente después de la salida de Celal, las autoridades locales le informaron al Ministerio del Interior que 10.000 armenios habían sido deportados de Konya en tres días. 

Luego de su despido no fue nombrado para ningún otro cargo. Su familia atravesó serios problemas económicos durante años. El fin de la guerra marcó una nueva etapa para Celal; los funcionarios “libres de culpa” que no habían participado en los crímenes de lesa humanidad eran muy solicitados. En noviembre de 1919 Celal fue nombrado gobernador de Adana, que en ese entonces estaba bajo el control de Francia. Diversas fuentes indican que las poblaciones turcas y armenias de la ciudad recibieron con agrado el nombramiento.

Mientras se oponía a la ocupación de los territorios otomanos, afirmando así su lealtad al “Consejo de Representantes” precedido por Mustafá Kemal, Celal estaba al mismo tiempo preocupado por que los armenios pudieran ser perseguidos durante la lucha contra los aliados. Al parecer elevó su preocupación en una carta secreta que le envió a Mustafá Kemal pidiéndole que “los armenios de Cilicia no fueran blanco de ataques”.