Джонатан Фэнтон был президентом Американской академии искусств и наук с 2014 по 2019 год. До этого он занимал пост временного директора Института государственной политики Рузвельта при Хантерском колледже. Ранее Фэнтон был президентом фонда Макартуров, а также возглавлял Новую школу социальных исследований в течение 17 лет.

Помимо руководящих позиций в этих организациях, он входил в состав совета директоров нескольких других, в том числе Human Rights Watch, «Доклада Совета Безопасности» и Комиссии штата Нью-Йорк по вопросам независимых колледжей и университетов. В настоящий момент Фэнтон входит в совет директоров «Ученых в опасности», Азиатского культурного совета и дома-музея Бенджамина Франклина в Лондоне. Джонатан Фэнтон – автор книг «Догмы и гражданское общество», том I и II (2008 г.), и «Университет и гражданское общество», том I и II (1995, 2002 гг.).

Джонатан Фэнтон был послом доброй воли Форума «Аврора» – 2019 и входил в Экспертный совет премии «Аврора» в 2016-2020 гг..