Jonathan Fanton a été président de l'American Academy of Arts & Sciences de 2014 à 2019. Auparavant, il a occupé le poste de directeur par intérim du Roosevelt House Public Policy Institute au Hunter College. Il était auparavant président de la Fondation John D. et Catherine T. MacArthur et a été pendant 17 ans président de la New School for Social Research.

Outre sa direction de ces organisations, il a été président du conseil d'administration de plusieurs organisations, dont Human Rights Watch, le rapport du Conseil de sécurité et la Commission de l'État de New York sur les collèges et universités indépendants. Il siège actuellement aux conseils de Scholars at Risk, du Conseil culturel asiatique et de la Maison Benjamin Franklin. Il est l'auteur de Foundations and Civil Society, volumes I et II (2008), et The University and Civil Society, volumes I et II (1995, 2002).

Il a été ambassadeur de bonne volonté du Forum Aurora en 2019 et a été membre du comité d'experts du Prix Aurora de 2016 à 2020.