Con más de 30 años de experiencia en el campo del desarrollo internacional, particularmente en América Latina, María Elena Agüero ha sido parte del personal profesional del Banco Interamericano de Desarrollo, el Banco Mundial y el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo y ha trabajado extensamente en las funciones de estas organizaciones en Washington, Uruguay, Ginebra, Bruselas y París, y en sus oficinas en el campo. Como oficial de proyectos, especialista del sector y asesora principal en estas organizaciones, ha realizado un gran trabajo en proyectos y programas en diversas áreas, más recientemente en los campos de la gobernanza, la reforma del Estado y la sociedad civil y las relaciones gubernamentales. También cuenta con una significativa experiencia en las relaciones entre organizaciones internacionales, organizaciones gubernamentales y no gubernamentales, socios nacionales e internacionales y contrapartes.

Al principio de su carrera, Agüero fue oficial de política comercial en el Departamento del Tesoro de los Estados Unidos y asistente de investigación en el Centro de Estudios Estratégicos e Internacionales en Washington, D.C.