Jonathan Fanton fue presidente de la Academia Estadounidense de las Artes y las Ciencias de 2014 a 2019. Previamente, ocupó el cargo de director interino del Instituto de Política Pública de Roosvelt House en Hunter College. También fue presidente de la Fundación John F. y Catherine T. MacArthur y, durante 17 años, fue presidente de The New School for Social Research.

Además de tomar el liderazgo en estas organizaciones, también se ha desempeñado como presidente de junta de diversas organizaciones incluyendo Human Rights Watch, el Consejo de Seguridad y la Comisión de Colegios y Universidades Independientes del Estado de Nueva York. Actualmente, es miembro de las juntas de Scholars at Risk, el Consejo Cultural Asiático y de la Casa Benjamin Franklin. Es autor de los volúmenes I y II de Fundaciones y la Sociedad Civil (2008) y los volúmenes I y II de La Universidad y la Sociedad Civil (1995, 2002).

Jonathan Fanton fue Embajador de la Buena Voluntad del Foro Aurora 2019 y ha sido miembro del Panel de Expertos del Premio Aurora durante el período 2016-2020.